Como todos los perros de raza, el Carlino es propenso a sufrir ciertas enfermedades, tanto hereditarias como adquiridas. Sin embargo, puede vivir entre 12 y 15 años.

La raza puede resfriarse fácilmente y enfermarse con el clima demasiado cálido o frío. Además, el hocico corto contribuye a que tengan problemas crónicos respiratorios, además de sufrir jadeos y ronquidos. En el caso de tener cría, necesitan cesárea por su pequeño tamaño.

Puede sufrir alergias, que son una reacción inmunitaria anormal a ciertas sustancias. El Carlino puede ser alérgico al polen, al polvo hogareño, a los pelos, a las plumas, a las pulgas, ciertas comidas o químicos. Aproximadamente entre el 30% y el 40% de las irritaciones de la piel de los canes se deben a alergias, que tienden a ser heredadas. Éstas pueden comenzar entre los 2 y los cinco años de edad y empeoran con la edad. Sus síntomas tienen que ver con el lamido y masticado de sus patas, el rascado de la cara o las orejas, la inflamación de las orejas u ojos llorosos. Cada categoría de alergia requiere un tratamiento diferente.

También es propenso a sufrir problemas en los sacos anales, que como su nombre lo indica están localizados a cada lado del ano. Se abren al exterior a través de pequeños ductos o pasajes. Las glándulas dentro de estas bolsas producen una sustancia oscura y olorosa. Generalmente se vacían a medida que el animal mueve los intestinos. La razón de ser de estas bolsas es desconocida y el perro puede vivir sin problemas sin ellas.

A veces el fluido es anormalmente espeso y no puede eliminarse; otras, se produce una infección en los sacos debido a alguna bacteria, que causa pus amarillo o sanguinolento. A menudo se forman abcesos, que consiste en una zona inflamada y caliente cerca del ano que puede romperse y descargar pus y sangre. Los síntomas de algún problema en los sacos anales se advierten cuando el perro arrastra el ano sobre el piso como rascándoselo, -aunque éste es también el síntoma de alergias, parásitos o diarrea-, el lamido excesivo debajo de la cola, la aparición de una zona blanda entre la cola y el ano y/o la eliminación de un líquido sanguinolento y pegajoso del área anal. También pueden aparecer vómitos, poco apetito y depresión. Estos problemas se tratan "exprimiendo" los sacos anales, vaciándolos a mano o quirúrgucamente. A veces se recetan antibióticos y en otras es necesario removerlos con cirugía.

También pueden sufrir de tos canina o traqueobronquitis infecciosa. Es una enfermedad muy contagiosa entre los perros causada por microorganismos, sobre todo si el ambiente en que viven tiene poca higiene y ventilación o han realizado mucho ejercicio. Además de la tos, que puede durar hasta tres semanas, el perro usualmente no parece enfermo. La complicación más seria de la tos canina es la neumonía, por lo que conviene visitar al veterinario en cuanto aparece. Hay algunas vacunas que pueden proporcionar cierta protección, pero no son infalibles.

Es conveniente limpiar los canales óticos de los Carlinos a menudo para evitar la acumulación de cera y la posibilidad de una infección, con la sustancia que recete el médico. También conviene cortar un poco el pelo que quede dentro de las orejas para mejorar la circulación de aire y secar el canal.

Esta raza también puede sufrir de encefalitis, que es una inflamación del cerebro. Generalmente se da en perros con un sistema inmunológico deprimido. La mayoría de los afectados tiene menos de dos años de edad y muchas veces se repite entre los hermanos o perros de la misma familia, lo que sugiere una predisposición genética.

En el caso de los Carlinos, la encefalitis toma una forma diferente a la de las demás razas, ya que no se conoce un agente infeccioso o las causas de la aparición de la enfermedad. Los perros con encefalitis sufren ataques que pueden combinarse con correr en círculos, presionarse la cabeza, una debilidad asimétrica (en una parte del cuerpo sí y en la otra no) y problemas en la visión. Además puede aparecer dolor de cuello y reacciones visuales y posturales asimétricas. El médico debe recetarle drogas como la prednisona que lo ayudarán a mejorarse. Sin embargo, no pueden tener una recuperación a largo plazo ni tampoco existe una cura.

Debido a sus ojos saltones, pueden sufrir lesiones oculares debido a accidentes, que incluso pueden llevarlo a la ceguera. Hay una chance de queratitis (inflammation de la córnea) y úlceras en la córnea. También son propensos a lagrimear por la delicadeza de sus globos oculares.

Existe también una enfermedad parasitaria que afecta al corazón. Es causada por el parásito Dirofilaria Immitis, cuyas larvas migran al corazón y los pulmones, donde maduran y pueden bloquear el funcionamiento normal de los órganos. Si no se tratan, tendrá una falla cardíaca entre uno y dos años después de la entrada del parásito. Sin embargo, a pesar de la terapia muchas mascotas siguen teniendo problemas cardíacos y las medicinas usadas son muy fuertes. Los síntomas son debilidad, fatiga, tos crónica, pérdida del apetito y adelgazamiento. Afortunadamente, puede prevenirse la enfermedad con una medicación mensual o diaria que matará a las larvas antes de que maduren y puedan causar daños cardíacos.

La displasia de cadera consiste en un desarrollo anormal de sus articulaciones, y es una enfermedad hereditaria. Sin embargo, es poco común en los Carlinos.

Otra dolencia, la demodicosis de la piel, proviene de la infestación provocada por un ácaro que sólo afecta a los perros, denominado Demodex canis. Se sitúa en los folículos de los pelos y en las glándulas sebáceas. El ácaro tarda entre 20 y 35 días en desarrollarse y pasa por las etapas de huevo, larva y ninfa antes de convertirse en adulto. Muchos perros sólo son portadores sanos, sin mostrar síntomas. La infestación puede deberse a problemas inmunológicos.

La mayor parte de los afectados son perros de entre tres y 16 meses de edad. La enfermadad es tratada con baños terapéuticos.